Elles sont contenues dans la viande, le poisson, les oeufs, le yaourt, les fromages, le soja, les noix, les noisettes et les amandes (oléagineux).
Elles ne subissent pas d'action chimique buccale.

Après mastication, ces aliments parviennent dans l'estomac.

Dans ce dernier, l'organisme libère de l'acide chlorhydrique (HCI) d'un pH 2 à 4, donc très acide.
Une fois transformées en acides aminés, les protéines passeront dans l'intestin grêle pour être à leur tour assimilées sous forme d'acides aminés. La principale transformation chimique des protéines se fait dans l'estomac en milieu acide.

On voit donc que le mélange féculent-protéine est incompatible : nous n'avons qu'un seul estomac et on ne peut réclamer à celui-ci un milieu à la fois basique d'un pH 7 à 8 pour les féculents et un milieu acide d'un pH 2 à 4 pour les protéines.

Ceci va à l'encontre de la démarche alimentaire actuellement très courante, qui est d'associer presque systématiquement poisson ou viande avec riz, jambon avec purée, steak avec frites, etc...