Les symptômes qui caractérisent spécifiquement la spondylarthrite ankylosante apparaissent généralement vers la fin de l'adolescence ou bien au début de l'âge adulte (ils ne se retrouvent pas toujours chez les patients atteints tardivement par la spondylarthrite ankylosante) :

• Douleur initiale sourde, insidieuse au début, et ressentie comme profonde dans la région lombaire et dans les fesses.
• Raideur matinale dans la région lombaire susceptible de durer plusieurs heures et qui ne s'améliore qu'avec le début de l'activité. Quand l'individu atteint de spondylarthrite ankylosante reste inactif quelque temps, les douleurs réapparaissent. Après quelques mois, les douleurs finissent par devenir persistantes. Au cours de l'évolution elles se situent des deux côtés et obligent le patient à se lever pendant la nuit et à bouger.
• Douleurs quand le médecin palpe les os pendant l'examen du malade. Elle se situe sur le rachis, les articulations entre les côtes et le sternum (costosternales), les apophyses épineuses c'est-à-dire les pointes que l'on voit saillir (ressortir) sous la peau au niveau des vertèbres, les crêtes iliaques c'est-à-dire les extrémités droites et gauches du bassin au-dessus des hanches, les grands trochanters c'est-à-dire des deux côtés des cuisses sur les bords externes du bassin, au niveau du tibia et des talons.
• Inflammation des articulations, des épaules et des hanches proprement dites chez 30 % des patients.
• Douleurs des cervicales accompagnées d'une raideur indiquant l'atteinte de ce segment vertébral.
• Fatigue.
• Anorexie (perte de l'appétit).
• Fièvre parfois.
• Perte de poids.
• Sueurs nocturnes.
• Uvéite (précédent parfois la spondylarthrite) : inflammation de la tunique des vaisseaux de l'œil, située entre la sclérotique (blanc de l'œil) et la rétine. L'uvéite se traduit par des douleurs et une photophobie (crainte pathologique de la lumière). Ces épisodes d'uvéite tendent à récidiver et accentuent le tableau douloureux.
• Doigts et orteils " en saucisse ".
• Enthésopathies (douleurs aux points d'insertion des tendons et des ligaments sur les os), entraînant des talalgies (douleur des talons) entre autres.
• Plus rarement, insuffisance aortique pouvant parfois entraîner une insuffisance cardiaque, c'est-à-dire un mauvais fonctionnement de la pompe cardiaque.
• Inflammation du côlon et de l'iléon (troisième partie de l'intestin, s'abouchant au cæcum. Le cæcum est le segment initial du gros intestin, formant un cylindre creux fermé à sa partie inférieure, prolongé à sa partie supérieure par le côlon, et communiquant par sa face interne avec l'intestin grêle au niveau de la valvule de Bauhin). Toutefois cette pathologie ne se traduit pas par des symptômes.
• Perte de mobilité du rachis se traduisant par une limitation de la flexion antérieure (se pencher en avant). Quand le patient essaie de se pencher sur les côtés (latéralement) ou bien de se pencher en arrière (extension du rachis lombaire), ceci lui est impossible. Cette limitation des mouvements s'accompagne d'autre part d'une ankylose musculaire traduisant les contractures secondaires à la douleur et à l'inflammation. Cette douleur peut être déclenchée par la palpation directement sur le malade, soit indirectement par des manœuvres mettant en tension ces articulations. A la palpation, il existe également un durcissement des muscles situés de chaque côté de la colonne vertébrale (paravertébraux).

Il existe un test appelé le test de Schober qui mesure la flexion antérieure (se pencher en avant) de la portion de la colonne vertébrale située au niveau des vertèbres lombaires (région habituellement appelée : les reins. Les reins en tant qu'organe de filtration, à proprement parler, quant à eux, sont rarement touchés par la spondylarthrite ankylosante. Quand c'est le cas, cela peut entraîner une insuffisance rénale chronique). Pour effectuer le test de Schober, on demande au patient de se tenir debout les talons joints. On effectue ensuite des marques sur le dos de l'individu à 5 cm et à 10 cm au-dessus d'une zone que l'on appelle la jonction lombosacrée. Le médecin trace une ligne horizontale entre deux zones anatomiques osseuses appelées les épines iliaques postérosupérieures. Cette zone se situe à environ un plat de main au-dessus de la raie fessière au niveau du sacrum. On demande alors au patient de se pencher en avant au maximum. On mesure à ce moment-là la distance qui sépare les deux marques. La distance entre les deux marques augmente de 5 cm ou plus quand il y a une mobilité lombaire normale, et de moins de 4 cm dans le cas d'une diminution de la mobilité lombaire. On peut également mesurer ce que l'on appelle l'expansion thoracique c'est-à-dire la différence de volume quand le patient remplit sa cage thoracique et quand il la vide. Autrement dit, la différence entre une inspiration maximale et une expiration maximale forcées. Cet examen se fait après avoir individualisé le quatrième espace situé entre la quatrième et la cinquième côtes qui se situent généralement chez la femme en dessous des seins. Cette expansion thoracique doit normalement être de 5 cm, voire plus.
Parfois, limitation des mouvements ou douleur des hanches et des épaules.

La diminution de l'ampliation thoracique survient quelquefois chez les patients présentant une spondylarthrite ankylosante. Le terme ampliation, issu de ampliare : augmenter, en anglais ampliation désigne, d'après Littré, l'«augmentation de dimensions dans tous les sens de la cavité thoracique pendant l'inspiration, de l'abdomen pendant la grossesse ou par l'accumulation de liquide dans le péritoine».